Depuis le Moyen-Âge, on produit des vins doux naturels qui, à l’époque étaient obtenus « du mariage de l’antique vin doux et de l’eau ardente ». En 1285, on attribue la découverte du processus d’élaboration du mutage à Arnaud de Villeneuve, médecin à la cour des rois de Majorque à Perpignan alors capitale du royaume.
Collioure et la région de la Côte Vermeille sont passées au cours des siècles entre les mains de différents peuples et nations qui y ont inscrit leurs héritages. L’occupation du territoire commence d’abord par les Celtes, puis les Romains, inlassables conquérants. Charlemagne et les Francs passent également par la région avant de laisser le territoire aux mains du Comte de Barcelone et roi d’Aragon, Pierre II qui lui même lègue Collioure aux Templiers du Mas Deu. Les Templiers ont apporté au Roussillon un épisode de prospérité en révolutionnant l’organisation du vignoble grâce au principe de réseau de filtrage et d’écoulement des eaux pluviales (peus de galls), encore utilisé aujourd’hui.
Passée à la couronne d’Aragon avec le royaume de Majorque, Collioure passe entre les mains de Louis XI de France pour une péridode, puis revient à l’Aragon et devient la propriété de la famille d’Oms jusqu’au XVIIIe siècle.
En 1659 est signé le traité des Pyrénées avec lequel le territoire reviens à la France. En 1793 survient un dernier épisode où la région repassera aux mains espagnoles jusqu’en 1794. Par la suite Collioure et la région perdit son intérêt stratégique avec la pacification entre les deux pays.
Terre de contrebandiers, Banyuls eu été déclarée « République contrebandière » sous le règne de Louis XIV tant cette activité était devenue incontrôlable. Du sel, du tabac, des draps, des peaux, du sucre, des piastres, les pêcheurs de Banyuls ont, durant près de deux siècles, fait passer ces marchandises dans une impunité presque totale. À cette époque, la vigne est alors considérée comme un soin palliatif à la contrebande.
En 1789 une route est ouverte, reliant Banyuls à Port-Vendres, avant cela rien ne reliait ces deux villages si ce n’est la mer.
Dans la seconde moitié du XIXème siècle, les vins de Banyuls sont exportés par navires aux États-Unis. À cette époque, les vins manquent de stabilité et voyagent donc assez mal. Généralement, les vins étaient bons à consommer dans leur région de fabrication, depuis les vendanges jusqu’à Pâques, au delà ils devenaient déviants et tournaient rapidement au vinaigre car le vin refermentait. Les vins de Banyuls, à cette époque, sont naturellement plus stables dû à leur fort taux d’alcool. Ils conservent toutefois une faible dose de sucres résiduels qui, durant leur voyage, et notamment vers les USA, faisait exploser les barriques car les sucres résiduels faisaient refermenter le vin. Pour éviter cela, on eu l’idée de stabiliser les vins en leur ajoutant une dose de liqueur d’expédition, qui stoppait la fermentation.
En 1875 on inaugure la ligne de chemin de fer à Banyuls.
En 1880, alors que le vignoble français est terrassé par le phylloxera, le Docteur Paul Olivier, pharmacien de première classe à Collioure écrira dans une lettre au préfet : « partout où j’ai cherché l’insecte, je l’ai trouvé ».
Le 16 Mai 1905, un nouveau chapitre de l’histoire de Collioure s’ouvre. Le peintre Henri Matisse débarque à Collioure en train, dépose ses bagages dans la seule auberge du village à cette époque, chez Dame Rosette et part à la découverte de ce village en quête d’inspiration. Collioure le séduit, l’anime et l’étonne, cette ville chargée d’histoire, de couleurs, bordée par la mer, encerclée par les montagnes et les terrasses de vignes l’inspire. Matisse donne alors un autre tournant à sa carrière artistique.
Matisse convie son ami et peintre André Derain à le rejoindre dans cette ville aux mille nuances, ensemble ils peignent frénétiquement des tableaux aux teintes dynamiques. En automne 1905 Matisse et Derain exposent leurs œuvres réalisées à Collioure au Salon d’Automne à Paris. C’est un choc artistique, Louis Vauxelle, critique d’art de l’époque parlera de « Donatello (sculpture d’Angelot par Marque, alors placée au centre de la pièce) au milieu des fauves ». C’est ainsi que le nom de Fauvisme vit le jour pour nommer ce nouveau courant artistique. Après Matisse et Derain, d’autres peintres de l’époque suivirent le mouvement, on citera Etienne Terrus, Aristide Maillol et Daniel de Monfreid notamment.
Leurs toiles, exposées aux quatre coins du monde, ont donné à Collioure une notoriété internationale et ont fait de cette ville une cité de peintres.
À la toute fin du XIXème siècle et au début du XXème, on accorde aux vins de Banyuls des vertus pharmaceutiques, si bien qu’en 1909, le Banyuls est inscrit au Codex sous la pression du Docteur Bouchardat : « le Banyuls est un vin généreux, fortifiant et reconstituant qui rend aux tempéraments débiles ou surmenés la vigueur nécessaire. Il apporte à l’anémie les plus efficace des remèdes ». Les vins de Banyuls ont été vendus par les pharmacies comme des reconstituants pour l’organisme et ce, jusqu’en 1945.
En Août 1936 est reconnu par décret, l’Appellation d’Origine Contrôlée Banyuls, c’est le premier vin doux naturel français à obtenir l’appellation.
En 1971 née l’Appellation d’Origine Contrôlée Collioure qui produit des vins rouges secs.
En 1993 est décerné au syndicat du cru Banyuls, par le par le ministère de l’environnement, le Label « Paysage de Reconquête », attribué aux sites remarquables soutenus par des activités économiques.
En 2003 les Collioure blancs obtiennent l’Appellation d’Origine Contrôlée.